1948 yılında dönemin Müzeler İdaresi'ne bağlanarak müze haline getirilen Kariye, 1 Ağustos 2020 tarihli Cumhurbaşkanlığı Kararnamesi ile yeniden cami oldu. Bu kararın ardından restorasyonuna başlanan camideki çalışmalar 4 yılda tamamlandı